Подкарантинные грузы, которые могут быть перенос­чиками карантинных вредителей, возбудителей болезней растений и растений сорняков (далее — карантинные объек­ты), перевозятся железнодорожным транспортом под кон­тролем Государственной инспекции по карантину расте­ний Российской Федерации (далее — Госинспекция по ка­рантину растений).
Основные подкарантинные грузы, перечень которых утверждается в установленном порядке, допускается вво­зить на территорию Российской Федерации и вывозить с территории Российской Федерации по разрешению Госинспекции по карантину растений Российской Фе­дерации.
После выгрузки подкарантинных грузов грузополуча­тель производит отчистку вагонов, контейнеров, а остатки груза и мусор уничтожает в специально отведенных для этого местах по предписанию госинспектора по карантину растений.
Обеззараживание грузов и транспортных средств про­изводится фумигационными отрядами и экспедициями Государственной службы по карантину растений Российской Федерации за счет грузополучателей (грузоотправите­лей).
О проведенном обеззараживании вагонов, контейне­ров после выгрузки подкарантинных грузов представите­лем Госинспекции по карантину растений Российской Федерации составляется акт фитосанитарного контроля, который грузополучатель предъявляет представителю пе­ревозчика.  
Правила перевозок подкарантинных грузов из каран­тинных фитосанитарных зон.
Прием к перевозке по железным дорогам в пределах Российской Федерации подкарантинных грузов про­исхождением из карантинных фитосанитарных зон, до­пускается только при условии предъявления грузоотпра­вителем карантинного сертификата установленной фор­мы, выданного Госинспекцией по карантину растений Российской Федерации в местах отгрузки подкарантинных грузов.
Карантинная фитосанитарная зона — территория, на которой установлен карантинный фитоеанитарный режим вследствие выявления карантинных объектов.
Карантинный фитоеанитарный режим — карантинные фитосанитарные меры, установленные в карантинной фитосанитарной зоне.
При получении от Госинспекции по карантину растений Российской Федерации официального уведомления о карантинных фитосанитарных зонах, а также конкретного перечня подкарантинных грузов, на перевозки которых вве­дены ограничения, владелец инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования, в районе деятель­ности которого находится такая зона, немедленно извещает об этом в установленном порядке (адрес 73) перевозчиков. При этом во всех пунктах приема грузов к перевозке выве­шиваются на видных местах объявления, в которых указы­вается, какие виды подкарантинных грузов не принимаются к перевозке без карантинного сертификата.
Карантинный сертификат предъявляется на груз в каждом вагоне, контейнере или на каждую отправку (пар­тию) подкарантинного груза при нахождении в одном ва­гоне, контейнере нескольких отправок (партий) груза. В
транспортную железнодорожную накладную (далее — на­кладная) грузоотправитель вносит отметку о приложении карантинного сертификата с указанием его номера и даты выдачи.
Подкарантинный груз по карантинному сертификату без печати и подписи, с исправлениями и помарками, по ко­пии карантинного сертификата, а также карантинному сер­тификату, в котором наименование груза не соответствует фактически предъявленному, к перевозке не принимается.
Карантинный сертификат действителен для предъявле­ния на станции погрузки груза в течение срока, указанно­го в карантинном сертификате. Срок действия карантин­ного сертификата на груз, погруженный в вагон, контей­нер, не ограничивается.
Подкарантинные грузы предъявляются грузоотпра­вителем к перевозке только на те станции и в адрес тех грузополучателей, которые указаны в карантинном серти­фикате. Переадресовка подкарантинных грузов допускает­ся при предоставлении заявителем переадресовки нового карантинного сертификата, выданного Госинспекцией по карантину растений Российской Федерации.  
Выгрузка грузополучателем из вагонов, контейне­ров подкарантинных грузов, поступивших из карантинных фитосанитарных зон, производится только с разрешения госинспектора по карантину растений Российской Федерации.
Ввоз в Российскую Федерацию импортных подкарантинных грузов допускается только при нали­чии фитоеанитарного сертификата, выданного компе­тентным государственным органом, обеспечивающим ка­рантин растений в государстве-экспортере (за исключе­нием государств, в которых такие органы отсутству­ют) на каждый вагон, контейнер или на каждую отправ­ку (партию) подкарантинного груза при нахождении одном вагоне, контейнере нескольких отправок (пар­тий) груза.