По прибытии комиссии на борт судна для таможенного оформления администрация судна обязана представить входящему в состав комиссии сотруднику таможни необхо­димые документы.
После проверки представленных документов, сотрудник таможенного органа дела­ет на них соответствующие отметки, в частности на всех экземплярах грузовых доку­ментов (манифесты, коносаменты или грузовые билеты) на товары, подлежащие вы­грузке в зоне деятельности таможни проставляет дату, штамп.
Оформленные таким образом грузовые документы говорят о том, что: разрешена выгрузка товаров в зоне деятельности таможни; товары и транспортные средства приобретают статус находящихся на временном
хранении; дальнейшее таможенное оформление и контроль таких товаров, в том числе помеще­ние на склад временного хранения (СВХ) регламентируется процедурой использования СВХ, на который производится их выгрузка.
После оформления документов сотрудник таможни принимает решение о проведе­нии досмотра судна.
В случае принятия решения о проведении такого досмотра администрация судна .должна обеспечить доступ во все помещения, силами экипажа должны быть открыты трюмы, шкафы, рундуки, ящики и др. подобные емкости, в которых могут содержаться предметы, запрещенные к ввозу на территорию РФ.
Досмотр судна производится в присутствии сопровождающего, назначенного ад­министрацией судна.
Досмотр вещей пассажиров и членов судовой команды производится в присутствии владельцев или их доверенных лиц.

В случае необходимости сотрудник таможенного органа опечатывает помещения, трю­мы, шкафы, рундуки, ящики и др. подобные емкости, в которых находятся товары и пред­меты, не подлежащие использованию на территории РФ и во время стоянки судна в порту.