Все суда, прибывающие из-за границы и убывающие за границу, перевозимые на них грузы, предметы материально-технического, продовольственного и иного снабже­ния, а также личные вещи, валюта и валютные ценности членов экипажей и пассажи­ров подлежат таможенному оформлению и таможенному контролю.
Государственный таможенный контроль за иностранными и российскими судами осуществляется на основании Таможенного кодекса Российской Федерации, указов и распоряжений Президента, постановлений Правительства Российской Федерации, Ко­декса торгового мореплавания, «Конвенции по облегчению международного морского судоходства» 1965г., иных международных норм, нормативных актов ГТК России, «Обязательных постановлений МАП».
Оформление прихода и отхода судов, а также контроль за судами во время их сто­янки в порту осуществляется специальной комиссией.
В состав комиссии входят:
· сотрудники Федеральной пограничной службы ОКПП;
· сотрудники таможни;
· врач Центра государственного санитарно-эпидемиологического контроля на транспорте;
· врач Федерального Государственного учреждения Госветнадзора на Госгранице РФ и транспорте;
· сотрудник пограничной Госинспекции по карантину растений.
Кроме того, в состав комиссии по согласованию с сотрудниками ОКПП и таможни могут входить представители других служб.
Таможенное оформление и контроль судов, судовой команды и пассажиров произ­водится после санитарного осмотра. До окончания санитарного осмотра и спуска ка­рантинного флага вход на судно кому-либо не разрешается. Подача заявок на оформ­ление всех судов осуществляется агентирующей фирмой. В заявке указываются сле­дующие сведения:
· название агентирующей фирмы;
· наименование судна;
· флаг;
· время прохождения лоцманской станции при приходе судна;
· номер причала, район порта, откуда судно будет отходить (при оформлении на отход), или куда будет судно швартоваться (при оформлении на приход);
· наименование груза (без груза);
· последняя страна, порт захода;
· фамилия агента, подавшего заявку.
В порту все суда загранплавания находятся под таможенным контролем. Всякое изменение места стоянки судна (перешвартовка) осуществляется только с ведома и по согласованию с таможенным органом.
Запрещено причаливание к судам, находящимся под таможенным контролем, без разрешения таможенного органа, а также запрещена передача с борта на берег каких-либо предметов.

Должностные лица таможенных органов имеют право в любое время суток под­ниматься на борт судна для выполнения ими служебных обязанностей. Капитан суд­на обязан представить им все требуемые для проведения таможенного контроля документы. В случае необходимости, по требованию должностного лица таможенного органа судовая администрация обязана предоставить в его распоряжение бытовые и служебные помещения необходимые для выполнения им служебных обязанностей.